Wojsław (Vojeslav) Molè

W latach: 1956-1960

Adam Bochnak

W latach: 1960-1970

Mieczysław Porębski

W latach: 1970-1979

Wicedyrektorami kolejno: Klementyna Żurowska, Adam Małkiewicz

Adam Małkiewicz

W latach: 1979-1984

wicedyrektor: Jan Ostrowski

(w r. 1979 na dyrektora została wybrana prof. Klementyna Żurowska, która nie przyjęła funkcji)

Jerzy Gadomski

W latach: 1984-1991

wicedyrektor: Anna Różycka-Bryzek

Adam Małkiewicz

W latach: 1991-1992

wicedyrektor: Anna Różycka-Bryzek

Anna Różycka-Bryzek

W latach: 1993-1996

wicedyrektor: Tomasz Gryglewicz

Tomasz Gryglewicz

W latach: 1996-1999

wicedyrektor: Marcin Fabiański

Adam Małkiewicz

W latach: 1999-2002

wicedyrektor: Wojciech Bałus

Wojciech Bałus

W latach: 2002-2008

wicedyrektorami kolejno: Marek Zgórniak, Małgorzata Smorąg Różycka

Piotr Krasny

W latach: 2008-2012

wicedyrektor: Marek Walczak

Andrzej Betlej

W latach: 2012-2016

wicedyrektor: Teresa Rodzińska-Chorąży

Z dniem 31 stycznia 2015 ustąpił w funkcji w związku z powołaniem na stanowisko dyrektora Muzeum Narodowego w Krakowie.

Teresa Rodzińska-Chorąży

Od 2016 do 31.08.2016

wicedyrektor: Rafał Quirini-Popławski

Marek Walczak

1.09.2016-31.08.2020

wicedyrektor: Teresa Rodzińska-Chorąży

od 1.09.2020

wicedyrektor: Dobrosława Horzela, która z dniem 31 lipca 2022 złożyła rezygnację z pełnionej funkcji

Od 1 września 2022 wicedyrektor Mateusz Grzęda